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南苑医院隶属于北京市丰台区卫生局，系1957年5月由北京市政府投资筹建的一所区级综合二级医院，是友谊医院合作医院。目前医院设有内科、内三科（脑血管及内分泌）、外科、骨科、肛肠科、妇产科、儿科、精神科、眼科、中医科、病理科等28个临床和医技科室。并形成了眼病防治中心、精神病防治中心和糖尿病教育基地三大特色医疗。
眼病防治中心与同仁医院、北京市眼科研究所、国际防盲指导中心联合，于2001年被确定为丰台区贫困白内障复明术定点医院；2002年国际狮子会“视觉第一，中国行动”白内障复明术定点医院在南苑医院挂牌；眼病防治中心从三级医院引进了栾秀丽主任医师作为学科带头人，可开展小切口白内障超声乳化折叠晶体植入术、青光眼—白内障联合手术、视网膜脱离手术、眼底血管荧光造影术、激光眼底治疗术等市级医院所开展的全部眼科手术项目。
精神病防治中心以心理测试和开展精神病社区防治为主，现有病床80张。采用先进技术，实行精神病人开放式管理、综合治疗及联络精神医学治疗各类精神病。其中心理测试、心理治疗专家门诊深受患者欢迎。是丰台区唯一一所大型精神病防治中心。
北京糖尿病教育基地于2003年12月份在南苑医院成立，基地依托北京市糖尿病防治协会、协和、北医专家为技术力量，由引进的内分泌杨凯杰主任医师负责基地全面工作。该基地配有时间分辨荧光分析仪、糖化血红蛋白分析仪、彩色超声多普勒等设备，以最先进的技术诊治糖尿病及合并症。
目前，南苑医院已完成翻扩建工程，一座拥有300张床位、地上11 层、地下2层的现代化综合医院于2011年年底投入使用。医院现已购置大量先进设备，如64排螺旋CT、数字胃肠机、心血管彩超（数字）诊断仪、腹部彩超（数字）诊断仪、全自动化学发光免疫分析仪、麻醉机、麻醉深度监护仪等等，已投入临床使用。
为加快医院的发展，2011年10月南苑医院与北京友谊医院正式签订了医疗合作协议，双方确定呼吸科、肿瘤科、泌尿外科为首批合作科室，今后将本着“成熟一个科室、合作一个科室”的原则，加强我院与友谊医院各科室间的合作，我院也将依托北京友谊医院的专业技术和管理经验，全面提高我院的专业技术水平，更好的为社区居民提供优质的医疗服务。
近年来，我院党委高度重视行业精神文明建设，以“精、慈、竞、美”为院训。多次被评为市、区卫生系统先进集体，是“首都文明单位”和“首都花园式单位”。
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