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广州中医药大学第三附属医院是一所建设目标为具有专科特色，集医疗、教学、科研为一体的现代化、综合性中西医结合医院。三院始建于2001年，目前拥有广州中医药大学附属骨伤科医院和芳村区中医院两所分院。2005年成立广州中医药大学第三临床医学院，同年招收中医学（骨伤科方向）本科生，第三附属医院和第三临床医学院实行院系合一的管理体制，是广州中医药大学重要的医疗、教学、科研基地。
医院设有广州中医药研究院骨伤科研究所、广东省中医骨质疏松病专病治疗中心、国家药物临床试验研究(GCP中心）、广州中医药大学骨质疏松中心、广州中医药大学股骨头坏死防治中心等，是广州中医药大学国家级重点学科和省级重点学科“中医骨伤科学”的重要组成部分，是广州中医药大学博士后流动站和博士、硕士研究生培养基地之一，现承担多项国家及省市级科研课题。
医院现有职工400多人，政府授予的名中医1人，高级职称医务人员24人。博士生导师3人，硕士生导师9人。医院获奖科研成果3项，申请专利2项，自主开发研制院内制剂20余项，其中1项（中药新药6类）已获国家食品药品监督管理局临床研究批文，并成功转让。近五年来承担有国家级课题2项、省部级课题15项、厅局级课题40项、校级课题10项。医院还同海外著名医疗及科研中心——澳大利亚西澳大学开展广泛合作与交流。
医院配备有各种先进医疗仪器设备，总值超过4000万元，主要由螺旋CT、双能X线骨密度仪（DEXA）、大型X光机、彩色多普勒B超机、酶标仪、全自动生化分析仪、PCR、动态心电图、心电监护仪等。中心实验室拥有的先进仪器能开展细胞学、组织免疫、组织化学、分子生物学、基因水平等检测。
目前医院正加紧进行第三附属医院总院建设，总院地处荔湾区（原芳村区）龙溪大道，占地93亩，主体建筑面积近10万平方米，设计总床位800张，按具有专照三级甲等中医院标准将总院建设科特色、现代化的综合性中西医结合医院。
由于广州中医药大学没有履行《关于合作组建广州中医药大学第三附属医院协议书》的义务，在获得93亩建院土地后，没有按协议筹措资金，至使第三附属医院总院建设停滞，九十余亩土地被荒废；芳村中医院转编遥遥无期，并失去应有的财政核补待遇。
