接下来讲一种完美的方案。
因为第一个界面是欢迎界面，所以快捷方式启动的界面也是欢迎界面，刚开始就怀疑快捷方式创建的代码有问题，但不知道问题出在哪儿。猜测可能会是快捷方式的错误导致系统创建两个应用，就也是同一个应用会有两个PID，结果在控制台查看打印的LOG，不同方式启动的LOG如下：
代码如下：

09-22 09:39:11.929: INFO/ActivityManager(61): Starting: Intent { act=android.intent.action.MAIN cat=[android.intent.category.LAUNCHER] flg=0x10200000 cmp=com.android.xxx/.activity.InitActivity } from pid 19304
09-22 09:39:12.876: INFO/ActivityManager(61): Displayed com.android.xxx/.activity.InitActivity: +763ms

09-22 09:39:47.668: INFO/ActivityManager(61): Starting: Intent { act=android.intent.action.MAIN flg=0x10000000 cmp=com.android.xxx/.activity.InitActivity bnds=[5,392][115,510] } from pid 19304
09-22 09:39:48.737: INFO/ActivityManager(61): Displayed com.android.xxx/.activity.InitActivity: +995ms

最后发现两个PID是一致的(InitActivity是欢迎界面的Activity)，可能是意外，把这两个LOG作比较会发现从列表中点击图标启动应用时是上面的LOG，通过快捷方式启动的是下面的LOG，通过比较会发现，以快捷方式启动应用时会比另外一种方式少了cat=[android.intent.category.LAUNCHER] ，于是乎在代码中加上（请参照上一篇的代码，只添加了第三行）：
代码如下：

ComponentName comp = new ComponentName(this.getPackageName(), this.getPackageName() + "." +this.getLocalClassName());    
Intent intent = new Intent(Intent.ACTION_MAIN).setComponent(comp); 
intent.addCategory(Intent.CATEGORY_LAUNCHER); 
shortcut.putExtra(Intent.EXTRA_SHORTCUT_INTENT, intent); 

再跑应用一切OK，不会启动两个应用，退出也只需要一次，太给力了！至于为什么就留给看客你了。